Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Thanh Hóa là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng tham mưu, giúp Uỷ ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thuỷ sản; thuỷ lợi; phát triển nông thôn; phòng, chống thiên tai; chất lượng an toàn thực phẩm đối với nông sản, lâm sản, thuỷ sản và muối; về các dịch vụ công thuộc ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn theo quy định pháp luật và theo phân công hoặc uỷ quyền của Uỷ ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh.